Obec Lipníky sa nachádza na juhozápadnom okraji Beskydského predhoria. Leží v malebnom údolí potoka ústiaceho do Ladzinky, v nadmorskej výške 300 m. Zo severovýchodnej strany ju obkolesujú nízke kopce - výbežky Hanušovskej Pahorkatiny: Mravčie (365,2 m.n.m.), Zadný Petič (342,9) a Dubník (357,5).